Lamentablemente, la caza furtiva y disminución de sus alimentos; Los ataques de perros domésticos y las enfermedades transmitidas por estos (perros) son las principales causas de su disminución en las zonas donde habita esta especie. El Zorro de Darwin se ubica en los bosques de la Isla Grande de Chiloé y la otra en una pequeña zona montañosa de la cordillera de Nahuelbuta, específicamente en el Parque Nacional Nahuelbuta.

Su estado de conservación actual es crítico, con una población reducida de 80 individuos sólo en Nahuelbuta, por lo que La Corporación Nacional Forestal (CONAF) junto a investigadores de la Universidad Católica de Temuco llevaron a cabo una investigación que les permitirá contribuir a la conservación de esta especie implementando medidas de mitigación a las principales amenazas del zorro de Darwin  dentro y fuera del Parque.

Entre las medidas de mitigación se monitoreó la población del zorro Darwin en el parque a través de la instalación de cámaras trampas, las cuales fueron georeferenciadas para  la posterior elaboración de un mapa de presencia de la especie dentro del parque y la elaboración de mapas de presencia de la especie en el área estudiada.

En el caso de las cámaras trampas, se ubicaron 14 estaciones de muestreo según los antecedentes de avistamiento histórico del zorro de Darwin e información aportada por guardaparques de la unidad. El registro permitió el avistamiento de especie como aves, el zorro culpeo, chingue, puma, guiña, conejos, entre otras especies. Según explica Basilio Guiñez, Jefe de la Sección de Conservación y Biodiversidad de CONAF, esta investigación “permite conocer el ensamble que existe en el parque respecto a la fauna. Conocer con quien está conviviendo el zorro y detectar algunas amenazas, y la idea es continuar con esto. De hecho ya se detectó gran presencia de zorros culpeo, pumas, y otras especie como chingues y guiñas”.

Además, se identificó y localizó las áreas de concentración de perros domésticos aledaños al lugar investigado para su vacunación. El estudio también contempló la elaboración de una propuesta de conservación dentro del parque.